依法治理是實現我國公共衛生治理現代化戰略意圖的重大考慮，也是補齊從這次防疫工作中暴露出來的制度短板的緊迫工作，我們只有統籌法治與改革，加快公共衛生治理工作中的重點領域立法，通過推進立法切實增強治理效能，才能實現國家公共衛生安全的長治久安。
第一，盡快制定管長遠、定框架、指方向的國家制度基本法律。從這次防疫工作中我們發現，“不謀長遠者不足以謀一時”，我們需要對法律體系中一些重大國家制度進行戰略性完善，否則必然在具體工作中表現出短板和問題。基于戰略意圖，有必要重點抓緊制定《生物安全法》和《緊急狀態法》，前者防止技術性源頭污染，后者避免制度失靈引發社會次生傷害。統籌技術和制度，是實現我國公共衛生治理現代化的長遠戰略設計。
全球化流動和工業文明的復雜技術以及人類對生物環境的不當利用，都日益加劇生物界對人類社會病毒侵入的風險，利用生物進行化學試劑實驗開發等活動也引起生物材料不當接觸、保管、泄露、利用等危害。因此，必須從技術源頭通過制定《生物安全法》規范，限制我們與生物有關的市場交易行為、生活消費行為和科研產業轉化行為。《生物安全法》應該建立起全環節、多領域、多層次的法律框架，對生物與社會相互影響的各個風險點進行分析并設定權利、義務和責任進行風險控制。法律可以考慮從一般人群和特殊人群（例如相關政府部門、科研人員、其他機構）兩個方面設定確保生物安全接觸、利用、交流、處置的基本原則、基本制度、基本程序和基本責任，實現對生物安全維護的全覆蓋，防止源頭污染。
《緊急狀態法》是實施我國憲法上規定的緊急狀態國家制度的基本要求，從這次防疫工作看，有必要將處于緊急狀況的突發公共事件進一步通過立法規范化、制度化與程序化，有條不紊開展危機管理工作，避免引發社會次生傷害。現有的《突發事件應對法》并不能代替《緊急狀態法》。這是因為：
一是法律地位不同。《緊急狀態法》是憲法性法律或者說是國家制度法，調整緊急狀態下各個國家機關與公民以及這些機關之間的關系，屬于憲法性法律或國家法領域；《突發事件應對法》僅僅調整行政主體與公民的關系以及行政主體的相互關系，屬于行政法律部門。二是立法目的不同。《緊急狀態法》的立法目的側重實現國家緊急狀態下公共利益與公民權利的平衡，既有管制的一面，更有權利保障和充分救濟的一面。《突發事件應對法》的立法目的更多是建立預防與應急的基本框架，確保應急處置的有效有序。三是規范對象不同。緊急狀態不同于突發事件。《突發事件應對法》第69條僅僅從事件的危害程度和應對能力兩個要件來區分二者是不全面的，緊急狀態是一種國家或局部整體秩序與多種價值受到沖擊的狀態，它不僅僅涉及應對能力，從法治思維來說，根本上涉及應對權限和應對程序，涉及通過法律來統籌兼顧社會秩序各個方面的合理安排和資源配置。在這個狀態里不是只有嚴格管制，還有公共服務、國家責任等大量內容。
當然，二者的規范內容也不同。《突發事件應對法》從條文來看主要是實體規則，側重規范體制機制與具體管制措施，《緊急狀態法》還必須對大量正當程序規定作出安排。《緊急狀態法》的調整范圍是自憲法規定的國家機關宣布全國或局部進入緊急狀態到有權機關宣布狀態解除的全過程，立法應該重點解決宣布和解除緊急狀態的條件，緊急狀態的分級（全國與局部）分類標準，宣布或解除進入緊急狀態及動態調整相應級別的程序，緊急狀態下開展相應公權力活動的主體、權限、內容、形式、程序，緊急狀態下懸置公民有關權利或暫停適用某些法律條款的條件，緊急狀態下公共管制與公共服務的基本內容以及對承受特別犧牲相關主體的國家責任（包括賠償、補償、救助、社會保障等）。
第二，盡快修改傳染病防治和突發公共事件應對的框架性和專門性法律，提升法律的體系性、一致性、操作性和科學性。從這次防疫工作來看，有一些重點工作需要推進：一是進一步優化體制機制。“統一領導、分類管理、分級負責、屬地管理為主”的應急體制還需要進一步完善和明確，中央政府與地方政府、地方政府內部各個層級、政府與社會力量等關系還需要進一步理順。尤其在2018年黨和國家機構改革后，我國建立了相對統一集中高效的應急管理體制，設立了中央和地方的應急管理部門，但目前突發公共衛生事件和社會公共安全事件根據《突發事件應對法》，分別由特定部門負責，如何協調應急管理部門與這些部門的關系，如何確保全國統一的應急管理標準在不同領域都有效統合，還需要進一步通過法律修改來明確。同時，還需要進一步明確不同危機管理部門的權責和具體工作范圍。例如，從中央到縣級以上地方設立的應急指揮部，其在法律上的地位、權力，與同級政府的關系。二是進一步提升法律的一致性。對于相關法律之間規定有沖突、存在隱性法律漏洞的地方要有效填補，梳理《傳染病防治法》與《突發事件應對法》與將來《緊急狀態法》的邏輯關系，防止在各自規范領域出現重疊、交叉的時候發生沖突。三是在總結此次防疫工作經驗教訓的基礎上，進一步完善實踐中運行效果不佳的制度。例如，完善信息管理制度，明確不同信息獲取主體之間的權限和責任，細化信息搜集分析、報送、通報、發布的程序性規定，明確區分“預警發布權”和“疫情發布權”，前者應該建立分散響應機制，后者可以適當高位集中與協調。法律修改還應該規范中間行政組織（如社區、物業管理部門、保安公司、企事業單位）在突發事件應對中的權限、責任與工作程序，防止突發公共事件應對中的標準不一、地方惡性競爭與公權力無序社會化。四是完善公民權利保障和公權力行使程序的條文規定，有必要明確建立公權力行使指南、手冊、裁量基準等制度，統一規范各地各級的行為，有必要建立突發公共事件應對下的公民權利臨時性緊急救濟與保障制度，發揮司法機關定分止爭、保障人權的積極作用。
第三，盡快通過法律修改增強傳染病防治和突發公共衛生事件相關法律的支撐、配合作用。重點可以考慮以下工作：一是抓緊修改《野生動物保護法》。盡管前一段時間全國人大常委會作出了具有法律效力的相關《決定》，但其目的主要是為了有效應對此次疫情的突發情況，其在性質上屬于人大常委會的立法性文件，在《決定》出臺后，仍然應當全面修訂《野生動物保護法》，以立法的形式對《決定》的內容加以確定，統籌法治與改革。二是在相關法律領域進行制度創新，正在編纂的民法典應當在總結防疫經驗的基礎上，進一步修改相關規則。例如，合同編有關情事變更、不可抗力等規則的適用情形、適用關系以及法律效果等，需要進一步明確。再如，民法典應當進一步強化對個人隱私與個人信息的保護，以及應進一步完善征收、征用的規則。物權編里創設的居住權等他物權在緊急狀態或突發情況下如何有效保障也值得考慮。正在修改的《行政處罰法》也可以考慮狀態責任的設定問題，對于非違法行為人是否需要在特定狀態下承擔以及承擔何種程度的行政法責任值得進一步思考。最后，還可以在將來新制定的其他法律中注意突發公共事件狀態下的法律關系調整，例如對于疫情期間故意隱瞞接觸史、故意隱瞞行蹤等不誠信的行為，是否可以在社會誠信立法中加以制裁，這些都可以統籌考慮。